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从麻雀咽拭子标本中分离到的1株H7N9禽流感病毒的序列分析报告

﹏ˋ阁子小姐_ 30 次阅读 2019-12-25 14:38:50
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附件从麻雀咽拭子标本中分离到的1株H7N9禽流感病毒的序列分析报告2013年8月29日我所国家流感中心收到上海市疾病预防控制中心送检的1份H7N9禽流感病毒核酸检测阳性的麻雀咽拭子标本,8月30日接种鸡胚,9月2日从标本中分离到1株H7N9禽流感病毒,毒株命名为A/Treesparrow/Shanghai/01/2013(H7N9)。9月5日完成了全基因组序列测定,现将相关结果报告如下。一、HA和NA基因核苷酸、氨基酸序列相似性分析HA核苷酸序列与A/Shanghai/08/2013(H7N9)相似度最高,为99.9%,HA氨基酸序列与A/Shanghai/08/2013(H7N9)相似度最高,为99.8%。NA核苷酸序列与A/Shanghai/08/2013(H7N9)相似度最高,为100%,NA氨基酸序列与A/Shanghai/08/2013(H7N9)相似度最高,为100%。二、系统发生树分析对A/Treesparrow/Shanghai/01/2013(H7N9)病毒的8个片段进行系统发生树分析,结果表明该病毒的8个基因片段与A/Shanghai/08/2013(H7N9)病毒均在同一分支(8个基因片段的系统发生树见附图1-8)。三、耐药性分析A/Treesparrow/Shanghai/01/2013(H7N9)病毒M2蛋白25-42位氨基酸发生S31N突变,提示对烷胺类药物耐药。A/Treesparrow/Shanghai/01/2013(H7N9)病毒NA蛋白276位氨基酸为H、294位氨基酸为R、120位氨基酸为E,均未发生突变,提示对神经氨酸酶抑制剂类药物如达菲敏感。四、HA连接肽分析A/Treesparrow/Shanghai/01/2013(H7N9)病毒的HA蛋白连接肽为PKGRGLFG,只有一个碱性氨基酸(R),提示为为禽低致病性毒株。五、受体结合位点及其它重要位点分析通过对该病毒的重要氨基酸位点分析,该病毒同之前分离的大部分H7N9禽流感病毒类似(具体结果见附表1)。A/Treesparrow/Shanghai/01/2013(H7N9)病毒HA蛋白受体结合位点226位为亮氨酸(L),186位为缬氨酸(V),提示对a2-6受体结合能力增加。150Loop的160位为丙氨酸(A),与H5N1病毒比较缺少N-型糖基化,提示对受体结合能力增。

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